Une fois obtenu son diplôme de l’ Ecole Hôtelière de Lausanne en 1995, la chaîne des grands magasins Manor l’a nommé cadre et responsable de la restauration. Après une expérience dans l’événementiel chez Cassis Management, Gilles Rufenacht est nommé directeur adjoint de la Clinique des Grangettes en 2000. Huit années plus tard, il en devient le Directeur général, poste qu’il occupe toujours à présent. En 2009, il est aussi nommé administrateur délégué.
Dans ses mandats en cours, il est membre des conseils d’administration de GRGB Santé SA, un centre de médecine nucléaire, et du centre d’échographie Dianecho.
Au niveau associatif, Gilles Rufenacht est depuis 2012 président de Genève-Cliniques, l’association des cliniques privées genevoises et très impliqué dans les questions politique santé régionale; membre du conseil académique de la Haute Ecole de Santé (HEdS), du conseil de la Fondation pour la recherche pour la périnatalité et membre du comité de la Fondation Iris, qui a pour but la mise en réseau des prestataires de santé dans le canton de Genève. Enfin, son engagement dans le tissu économique genevois a été reconnu par la Chambre de commerce, d’industrie et des services de Genève (CCIG) dont il est devenu le président en 2020.